La Academia Chilena de Ciencias se creó de forma conjunta al Instituto de Chile y las Academias de Medicina, Bellas Artes y Ciencias Sociales, Políticas y Morales.

El proyecto fue del profesor Alejandro Carretón Silva, Ministro de Educación del presidente Jorge Alessandri Rodríguez. Su fundación se da mediante un proyecto de ley que aprobó la Cámara de Diputados el 21 de octubre de 1964.

El 22 de octubre de 1964 se inauguró la Academia Chilena de Ciencias. Durante la ceremonia se nombraron por Decreto Supremo sus primeros cinco miembros de número: los catedráticos Gustavo Hoëcker, Carlos Mori, Luis Cerutti, Gustavo Lra y Eduardo Cruz Coke.

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